A közismert világfajták mellett számos ritka magyar szőlőfajta is honos a pécsi borvidéken. Az 1887-es filoxéravész itt is elpusztította az akkori állomány nagy részét, jó néhány silány minőséget adó fajta kiszorult a termesztésből, melyek helyét jobbára az Olaszrizling vette át. Ennek ellenére a pécsi borvidéken sok szőlész-borász foglalkozik már-már kihalt fajtákkal a PTE TTK Szőlészeti és Borászati Intézet génbankjának segítségével.

A Pécsi Borvidéken kiemelkedően szép vörösborok készülnek. Igaz, egyes vélemények szerint a borvidék adottságai a fehérszőlőknek kedveznek inkább. Fő szőlőfajták a pécsi borvidéken a chardonnay, cirfandli, olaszrizling, sauvignon blanc, cabernet sauvignon, cabernet franc, merlot; engedélyezett fajta a furmint, hárslevelű, királyleányka, pinot blanc, rajnai rizling, rizlingszilváni, tramini, zenit, zengő, zöldveltelini, pinot noir. A versendi körzetben jelenleg ajánlott fajták a chardonnay, olaszrizling, rajnai rizling, sauvignon blanc; engedélyezett fajta a cirfandli, cserszegi fűszeres, hárslevelű, juhfark, ottonel muskotály, királyleányka, rizlingszilváni, tramini, zenit, zöldveltelini, merlot, kékfrankos, kékoportó. A szigetvári körzetben jelenleg ajánlott a chardonnay, olaszrizling, rajnai rizling, sauvignon, merlot, pinot noir; engedélyezett a hárslevelű, királyleányka, leányka, rizlingszilváni, zenit, zöldveltelini, cabernet sauvignon és a kékfrankos.